Beim Schimmel werden eine sortentypische und eine sortenfremde Schimmelbildung unterschieden. Die sortentypischen Arten tragen zur Aromabildung bei. Sie sind also ausschlaggebend für den Käsegeschmack. Sie sind je nach Käsesorte weiß, grün, bläulich oder rot. Manchmal treten Sie auch als gelbe Flecken oder graue Fäden in Erscheinung. Mit Ausnahme der Käse mit Innenschimmel findet man Sie auf der Oberfläche eines Käses. Wird der Käse angeschnitten wird nach einiger Zeit auch die Schnittfläche von ihm besiedelt.
Es kann aber auch vorkommen, dass sich gerade bei den festen und harten Käse, ein Schimmel ansiedelt, der sortenfremd, das heißt untypisch für den jeweiligen Käse ist. Die Schimmelbildung tritt sowohl auf der Oberfläche als auch auf der Schnittfläche auf. Diesen Schimmel wäscht man mit Salzwasser ab bzw. schneidet den Anschnitt mit einem Messer ab. Beide Schimmelarten sind aber für den Verbraucher unbedenklich.